Das Umbenennen sollte eigentlich funktionieren, wenn sonst niemand darauf zugreift. Benutzt du zum Umbenennen den Winsdows-Explorer und hast das Civ-Verzeichnis in der Baumstruktur angewählt? Dann ist das der Schuldige. Aber eigentlich willst du doch nicht umbenennen, sondern kopieren? Da ist es völlig egal, welche Prozesse noch auf dem Verzeichnis hängen.
Die einfachste Möglichkeit wäre natürlich, alle PBEMs zu patchen, damit man die alten Versionen gar nicht mehr braucht. Da du beim DG nicht mitmachst, bräuchtest du die alten Versionen dann nicht mehr.