1) Da liegt jetzt das Problem: Die Installation erkennt, dass du Vanilla mal separat hattest, und fragt jetzt nach der CD.
Lösung wäre, Civ zu deinstallieren, mit diesem Programm nochmals alle Civ-Referenzen aus der Registry zu kehren, und dann neu zu installieren.
2) Zur Lösung:
Gehe in den Ordner des Mods (das wäre im Normalfall C:\Programme\Firaxis Games\Civ4\BtS\Mods\[Mod]; wenn du's woanders installiert hast, musst du natürlich an diesem abweichenden Ort nachsehen), dort musst du eine .ini-Datei des entsprechenden Mods sehen.
Öffne diese (rechtsklick, öffnen mit Wordpad/Notepad), und ändere dort
PHP-Code:
; Custom XML and Python from user folder are not loaded
NoCustomAssets = 0
in 1 um.
Dann solltest du den entsprechenden Mod laden können und bekommst ein Interface, allerdings steht der BUG-Mod im diesem Mod dann nicht zur Verfügung.