Über das Lebensrecht der indianischen Bewohner gingen die Kolonisten im Bewusstsein ihrer angeblichen „göttlichen Auserwähltheit“ hinweg. Sie sahen die Indianer als „Anhänger des Teufels“. Puritaner verlangten von indianischen Stämmen, die mit ihnen verbündet waren, Körperteile der gemeinsamen Feinde als Zeichen ihrer Treue und als Antwort auf Bittgebete zu Gott. Gefangenen Indianern wurden die Gliedmaßen ausgerissen. Die Behörden setzten Prämien für getötete Indianer aus, der Erfolg war mit dem Kopf des Getöteten oder mit dem Skalp zu belegen. Die Landnahme nahm so die Formen einer „ethnischen Säuberung“ an. In erbarmungslos geführten Kriegen (z. B. Vernichtung der Pequot 1637) und durch Massaker (z. B. Mystic-Massaker 1637) wurde die indigene Bevölkerung terrorisiert, dezimiert, in die Sklaverei verkauft und nach Westen abgeschoben.
Der Kommandant der Puritaner, John Mason, schrieb nach einem der Massaker: „Gott kam über sie und hohnlachte über seine Feinde, die Feinde seines Volkes, und ließ sie zu einem Feuerofen werden… So richtete der Herr die Heiden, und häufte die Toten auf, Männer, Frauen, Kinder. Und so gefiel es denn dem Herrn, unsere Feinde ins Hinterteil zu treten, und uns ihr Land zum Erbteil zu geben.“